Según una investigación del Consejo Civil Mexicano para la Sivicultura Sostenible y el Colectivo de Geógrafos Geocomunes, aproximadamente en 330 kilómetros de donde se planea construir la ruta del Tren Maya, no existe un derecho de vía, es decir, hay un terreno disponible para la construcción del medio de transporte.
El proyecto recorre aproximadamente mil kilómetros, por lo que un 34 % de tierras no están aseguradas para su construcción, ya que pertenecen a sus dueños. La solución a esto sería que el gobierno comprara las propiedades o se indemnice y expropie, afectando directamente a 40 ejidos entre los estados de Yucatán, Quintana Roo y Campeche.
Y aunque el presidente de la República, Andrés Manuel López Obrador, ha dicho que no se van a expropiar, el director de Fonatur, Jiménez Pons, dijo que solicitarán primero un saldo de 2 mil millones de pesos a la Secretaría de Hacienda y Crédito Público (SHCP) para la compra del derecho de vía.