Efraín Juárez inició su carrera como profesional en los Pumas de la UNAM, donde, incluso llegó a jugar con Pumas Morelos en el Estadio Centenario.
En el 2009 fue parte de plantel universitario que conquistó el título del Torneo Clausura esto previó a iniciar su etapa en Europa, donde jugó para clubes como el Celtic de Escocia y el Real Zaragoza de España.
En el 2012. El destino lo trajo de regreso al fútbol mexicano, pero no con con los Pumas. Efraín llegó a jugar con el gran rival felino, las Águilas del América, en una operación que generó todo tipo de reacciones.
Con las Águilas y bajo la dirección de Miguel Herrera, Juárez ganó el título del Clausura 2013, en aquella final ante Cruz Azul que se definió en penales.
Durante su etapa como azulcrema, disputó 16 partidos entre Liga MX y Copa MX, con un total de 974 minutos en cancha, sin registrar goles y con una tarjeta amarilla. Su participación se redujo tras una lesión en el codo que sufrió en un partido de Copa MX ante Correcaminos, situación que le hizo perder la titularidad
Tras retirarse en 2019 jugando para el Valerenga de Noruega, Efraín Juárez comenzó su etapa como entrenador, siendo auxiliar en clubes como New York City de Estados Unidos, Standard de Lieja y Club Brujas de Bélgica.
En 2024 llegó a dirigir al Atlético Nacional de Colombia, donde salió como un ídolo, pues conquistó la Liga y Copa Colombiana. Ya en 2025, llegó su primera oportunidad en México, donde buscará alzar su primer título con los Pumas.
